La historia trata de un estudiante de preparatoria llamado Saitou Yakumo que nació con los ojos de diferente color. Su ojo rojo derecho le permite ver fantasmas y espíritus. Él cree que los espíritus están en este mundo por una causa y que eliminando esa causa logrará hacer que los espíritus puedan descansar en paz. A petición de Ozawa Haruka comienzan una investigación juntos.